當(dāng)污水中含有對微生物有毒、有害或有抑制作用的物質(zhì)時，活性污泥的性能將會下降、中毒，直至完全失去作用。常見的有毒、有害物質(zhì)有化學(xué)物質(zhì)、重金屬等。見《污水排入城市下水道水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)》（CT3082-1999）表中列出了常見的有毒、有害物質(zhì)對活性污泥產(chǎn)生抑制作用的低濃度，進(jìn)入活性污泥法處理系統(tǒng)的污水中的有毒有害作用的低濃度含量應(yīng)低于表中的限值。有毒、有害物質(zhì)的毒害作用還與處理過程中的水溫、溶解氧、PH值等多種因素有關(guān)，也與有毒、有害物質(zhì)共存時，其毒性相加或相減有關(guān)，還與微生物經(jīng)過馴化后抗毒性能有關(guān)。實踐證明，經(jīng)過專項、長期培訓(xùn)的特殊菌種，可以處理利用污水中的一定量的有毒、有害物質(zhì)。有時甚至可以將有毒害物質(zhì)變成微生物的營養(yǎng)成份。例如苯和酚等。