理想的PCR反應(yīng)具有特異性和性，但其受多種因素的影響。
    (一)模板
PCR反應(yīng)的模板可以是DNA,也可以是多NA，后者的擴增需步反轉(zhuǎn)錄成cDNA后才能
作為模板進行PCR循環(huán).模板的質(zhì)和量會影響PCR反應(yīng)的特異性和性。
    不同來源的核酸標(biāo)本，如臨床標(biāo)本（血液、痰液、尿液、體腔積液）、法醫(yī)學(xué)標(biāo)本（血斑、毛發(fā)）病理標(biāo)本(如組織切片)以及考古標(biāo)本等.可以選用不同的方法直接提取DNA。無論標(biāo)本來源如何，待擴增的核酸均需要純化擴盡使核酸標(biāo)本中不含蛋白酶、核酸酶，特別是TaqDNA聚合酶抑制劑。
    (二)引物
    引物的選擇是整個PCR擴增反應(yīng)成功的關(guān)鍵。理想的引衡應(yīng)該有效地與靶序列雜交。引物的質(zhì)和量直接影杯PCR反應(yīng)的特異性和性，特別是特異性。
1.PCR反應(yīng)對引物的要求
   合成的引物必須經(jīng)聚丙烯酞胺凝膠電泳或反向高壓液相色譜(HP1.C)純化，以減少發(fā)生非特異擴增的可能性。凍干引物可以在常溢下運輸.凍干引物于一20℃可以保存12-24個月，甚至長，液體狀態(tài)于-20℃可以保存6個月或長
2.引物對PCR反應(yīng)的影響
    兩條引物的用量一般為每條0.1~0.5mmol/L濃度太高會引起錯配及非特異性擴增,增加引物之間形成二聚體的概率;引物濃度太低則可能達(dá)不到擴增效果或PCR產(chǎn)太低。
    (三)循環(huán)溫度和時間
    PCR擴增反應(yīng)的三個基本步驟即變性、退火和延伸在反應(yīng)體系的合適條件下進行。變性溫度一般為90-96 .C，在此溫度下既能使DNA雙鏈模板變性，又能保持Taq DNA聚合酶活力。退火溫度必須嚴(yán)格按照形成模板一引物雜交體的實際需要選擇，可根據(jù)公式幾=4(G+C)+2(A+T)計算。退火溫度太高，會因為不能形成模板一引物雜交體而不能有效擴增目標(biāo)片段，退火溫度太低易出現(xiàn)非特異性擴增。退火溫度選擇的一般原則是應(yīng)低于幾值5℃。多數(shù)PCR擴增反應(yīng)的退火溫度在50-65℃。延伸溫度常用70-74℃。延伸時間長短根據(jù)待擴增的目標(biāo)DNA片段長度確定。循環(huán)次數(shù)的確定，以既能達(dá)到擴增目的又盡量減少非特異性產(chǎn)物的擴增為原則。PCR儀的循環(huán)次數(shù)一般為2035次.循環(huán)次數(shù)過多將增加非特異產(chǎn)物。
    (四)Taq DNA聚合酶濃度
   Taq DNA聚合酶在反應(yīng)體系中的終濃度常為2~2.5u/100uL。酶量過少，合成pcr產(chǎn)物量低，酶址過高則非特異性產(chǎn)物隨之增加。
    (五)鎂離子濃度
  鎂離子濃度對PCR產(chǎn)物的特異性.和產(chǎn)址有明顯影響，特別是對Taq DNA聚合酶催化的
PCR反應(yīng)的影響尤為明顯。過址的鎂離子會導(dǎo)致非特異產(chǎn)物的擴增，而鎂離子濃度過低，又會使Taq DNA聚合酶的催化活性降低.，一般鎂離子濃度為0.5-2.5 mmol/L。
    (六)脫氧核昔三磷酸濃度
4種 dNTP（dATP、dCTP、dGTP\dTTP）在反應(yīng)中濃度應(yīng)相等，一般為200umo1/L。濃度過高會抑制Taq DNA聚合酶活性，且引起Taq DNA聚合酶催化的堿荃錯配。