Eph受體包括三個結構域：胞外配體結合區(qū)、細胞內具酪氨酸激酶活性的功能區(qū)和連接這兩個區(qū)域的由疏水氨基酸組成的跨膜區(qū)。
細胞外結構域包括1個N端球狀結構域(Glb)，一個由Sushi結構域和EGF樣結構域一起構成富含半胱氨酸的連接區(qū)和兩個纖粘連蛋白Ⅲ型重復區(qū)。其中，球狀結構域是與配體結合的關鍵結構域，決定了受體與配體的結合特性，該結構域的突變可破壞抗EphA3單克隆抗體結合受體的能力。
胞內區(qū)包括具酪氨酸激酶活性的結構域、SAM結構域（Sterile α-motif domain）和PDZ結構域。其中具有酪氨酸激酶活性的結構域包含近膜區(qū)域（兩個參與Eph激酶活化的酪氨酸殘基位于該區(qū)域上）和與之緊鄰的激酶區(qū)域。激酶結構域的激活環(huán)內有激酶活化所需的第三個酪氨酸殘基。

SAM結構域在Eph蛋白家族中高度保守，SAM結構中的酪氨酸殘基是使受體信號分子聚集的必需位點。SAM結構域去除降低了EphA3突變體形成二聚體的能力，其磷酸化水平和激酶活性均受到影響

EphA3基因位于3號染色體3p11.2區(qū)域，該區(qū)域在多種不同的腫瘤組織中都存在著突變。